Kolej zbliżyła się do Olity w 1895 r. od strony wschodniej: wybudowano łącznicę kolejową magistrali Sankt Petersburg – Warszawa łączącą Orany (teraz Varėna) z Poterańcami (teraz Poteronys). W tym samym czasie w przeciwnym kierunku rozpoczęto budowę kolei z Grodna do Olity przez Augustów, Suwałki, Szestokovo (teraz Šeštokai). Ten odcinek kolei został doprowadzony do stacji Olita od strony zachodniej. Od 1 maja 1899 r. do miejscowości zaczęły kursować pociągi.
   15 października 1899 r. most kolejowy wybudowany przez Niemen połączył łącznice kolejowe doprowadzone z Oran i Grodna i w ten sposób zakończył Zaniemeńską Kolej Żelazną. Kolej ta została przypisana do kolej Petersbursko-Warszawskich.

   Podczas I wojny światowej wycofujące się wojska rosyjskie zburzyły most kolejowy na skutek czego na parę miesięcy został zatrzymany ruch na odcinku Olita-Orany. Gdy miasto zdobyli Niemcy, gwałtownie wybudowali nowy most i odcinek był czynny do 1920 r.

    Po dołączeniu w 1920 r. Suwalszczyzny i Wileńszczyzny do Polski, stacja Varėna (pol. Orany) pozostała po stronie polskiej, a stacja Artilerija - po stronie litewskiej. Wówczas odcinek kolei funkcjonował w dość ograniczony sposób - Grodno, Augustów i Suwałki również znalazły się w granicach Polski.
    Jednak w 1923 r. odcinek Kolei Zaniemeńskiej pozostały na terenie Litwy został połączony w Šeštokai (pol. Szesztokach) z litewskim kolejowym systemem transportowym (odcinek z Kazlų Rūda (pol. Kozłowej Rudy) przez Marijampolė. Pociągi z Kaunasa (pol. Kowna) przez Alytus (pol. Olita) jeździły do stacji Artilerija aż do 1926 r., gdy postanowiono zamknąć niebezpieczny most drewniany w Alytuse a później zdemontować łącznicę kolejową do Varėny.

  Po zakończeniu II wojny światowej odcinek kolei Grodno–Suwałki–Alytus został przecięty granicą państwową między ZSRR a Polską przechodzącą między Šeštokai (Szestokami) a Suwałkami (również między Grodno i Augustowem). W celu połączenia Alytusa z systemem kolejowym ZSRR postanowiono odbudować odcinek Alytus-Šeštokai (Olita–Szestoki), który został rozebrany w końcu wojny i w latach powojennych (bez odbudowy odcinka Alytus-Varėna i również mostu przez Niemen). Odcinek kolei do Alytusa ponownie został uruchomiony w 1959 r.

    W okresie sowieckim Alytus zaczęł bardzo szybko się rozwijać jako ośrodek przemysłowy poludniowej Litwy. Na początku lat 80. powstały tu dwie stacje – stara (towarowa) w mieście i nowy dworzec (pasażerski) nieopodal północnej dzielnicy przemysłowej. Ostatecznie nowy dworzec całkowicie przejął funkcje stacji ładunkowej (chociaż nie posiadał odpowiedniej infrastruktury).

  W 1997 r. stara stacja została zamknięta, a odcinek kolei prowadzący przez Alytus został rozebrany. W jej miejsce wybudowano ścieżkę dla pieszych i rowerow.
    Od 2006 r. autorzy tej strony internetowej organizują wycieczki z przewodnikami wdluz dawnej drogi kolejowej. W 2013 r. samorządy rejonów Alytusa i Varėny postanowiły w miejsce kolei urządzić szlak rowerowy.

Pozostałości po linii kolejowej
Alytus-Varėna na pocz. XXI w. »