Pod koniec II wojny światowej wycofujący się niemcy rozebrali linię kolejową między Alytusem (pol. Olita) a Šeštokami (pol. Szestoki). Została ona odbudowana dopiero 3 sierpnia 1959 r. I znów istotne znaczenie odegrały cele wojskowe – dla rozlokowanego w dawnych koszarach Artylerii (3) w Alytuse pułku desantowców była potrzebna kolej. 

Kolej w Alytuse w II połowie XX wieku

    W czasach sowieckich Alytus (pol. Olita) jako ośrodek przemysłowy na południu Litwy zaczęła się intensywnie rozwijać, więc pociągi pasażerskie do Alytusa kursowały 4 razy dziennie. Z tego środka komunikacji korzystali głównie pracownicy mieszkający na przedmieściach. Chociaż w tym czasie bocznica kolejowa była słabo doskonalona, jednak ilość transportowanych ładunków wzrósła.

   W latach 70. przypomniano pomysł odbudowy kolei do Varėny (pol. Orany). Tym razem kolej musiała okrążyć miasto od południa, a następnie (gdzieś od Poterańców) znów prowadzić starym nasypem do Varėny.
   Tym sposobem w Alytuse (pol. Olita) powstały dwe stacji – stara w mieście (I) i na zachodnich obrzeżach miasta (w pobliżu dzielnicy przemysłowej) platforma dla pasażerów Alytus II (2). Stara stacja była wykorzystywana zarówno do przewozu pasażerów jak i ładunków, zaś nowa platforma obsługiwała tylko pasażerów. Gdy obok platformy wybudowano nowe budynki, uroczyście był otwarty nowy pasażerski dworzec kolejowy (2). Po otwarciu nowego dworca 20 czerwca 1984 roku pociągi pasażerskie przybywały już tylko na nowy dworzec. Z miasta do dworca dojeżdżały miejskie autobusy.
    Stary dworzec służył do przewozu ładunków - obsługiwał jednostkę wojskową, bazę naftową, zakład maszynowy, magazyn paliw stałych i inne zakłady przemysłowe znajdujące się w południowej dzielnicy przemysłowej. Po pewnym czasie nowa stacja też stała się towarową, choć nie było tu odpowiedniej infrastruktury. Na torach stacyjnych formowano skład pociągu, zaś operacje ładunkowe były wykonywane bezpośrednio na terytorium przedsiębiorstw.

    W 1993 r. wojska rosyjskie pozostawili Litwą, jednocześnie koszary opuścił pułk spadochroniarzy, który stacjonował w Alytuse, więc łącznica kolejowa straciła znaczenie militarne. Zmniejszyła się rola gospodarcza kolei, która przecinała miasto.
   14 marca 1997 r. o godz. 16.00 ze starej stacji w Alytus odjechał ostatni pociąg. Nieczynna linia kolejowa prowadząca przez Alytus została zdemontowana. W jej miejsce wybudowano ścieżkę dla pieszych i rowerzystów. Budynek starego dworca też nie jest już używany.

   23 marca 2001 r. z nowego dworca do Kaunas (pol. Kowno) odjechał ostatni pociąg pasażerski. Chociaż nowa stacja stosowana jako ładunkowa, część jej torów stacyjnych są zdemontowane. Poczekalnia dla pasażerów nie jest używana zgodnie ze swoim przeznaczeniem. Kolej do Šeštokai (Szestoków) jest w złym stanie.