Железнодорожная линия Алитус - Шяштокай, разобранная в конце Второй Мировой войны отступающими немцами, была восстановлена и возродилась 3 августа 1959 г. И опять важную роль сыграли военные - в бывших артиллеристских казармах Алитуса поселившейся воинской части десанттных войск (3) нужен был железнодорожный путь.

Алитус во второй половине ХХ в.

В советские времена, как промышленный центр южной Литвы, Алитус стал бурно развиватся. Пассажирские дизельпоезда ходили из Каунаса 4 раза в день. В основном на них из пригородов приезжали рабочие. Хотя и в те времена линию мало развивали, грузовой поток увеличивался.

В семидесятых появилась идея восстановить железнодорожний путь в Варену. Правда, на этот раз железная дорога должна была обнять город с юга, а потом (где-то от Потяронис) идти по старой насыпи. Потому в начале 80-ых в Алитусе появились две станции: старая (1) в городе, и новая (2) платформа для пассажиров Алитус II на западной окраине города (вблизи промзоны). Старая станция оставалась и пассажирской, и товарной, а новая была только пассажирская. После того как при платформе были возведены здания, там был торжевствено окрыт новый (2) пассажирский вокзал. После открытия новой станции 20 июня 1984 г. пассажирские поезда приезжали только до нее. Из центра города в неё ходили пригородные автобусы.
   Старая осталась товарной. Она обслуживала боинскую часть, базу нефтепродуктов, машиностроительный завод, узел твердого топлива и другие предприятия южной промзоны.
   Помаленьку новая станция превратилась и в товарную, хотя там и небыло нужной инфраструктуры. Разгрузка и погрузка производилась на ветках предприятий, а составы формировали на путях станции.

   В 1993 г. Российские войска ушли из Литвы, а вместе с ними и парашютно-десантный полк - из Алитуса, так что железнодорожная ветвь потеряла военное значение. Уменьшалась и экономическое значение железной дороги, рассекающей город.

   14 марта 1997 г. в 16 часов из старой станции Алитус ушел последний состав и вскоре невостребованый участок железнодорожного полотна через Алитус разобран. Сегодня на месте пути проходит дорожка для пешеходов и велосипедистов. Здание старой станнции не используется.
  По бывшей железной дороге проводятся познаватеьные экскурсии.

   23 марта 2001 г. из новой станции в Каунас ушел п оследний пассажирский поезд. Хотя новая станция в настоящее время используется как товарная, часть станционных путей демонтировано. Путь до Шяштокай в плохом состоянии. Зал ожидания используется для иных целей.