Varėnos geležinkelio stotis pastatyta 1862 m. tiesiant Sankt-Peterburgo - Varšavos geležinkelį. Tuo metu keleivinės stoties pastatas buvo medinis.
1895 m. pastačius Orany-Olita geležinkelio atšaką iki Poteronių tapo mazgine.
Didžiojo karo metu  medinis keleivių stoties pastatas buvo sugriautas. Tarpukaryje kuomet Varėna (Orany) priklausė Lenkijai buvo pastatytas ir naujasis, mūrinis keleivių namas.
Šis keleivinės stoties pastatas neišliko II Pasaulinio karo metu. Nauja mūrinė stotis pastatyta XX a. viduryje keliasdešimt šiauriau susprogdintosios.